Sau khi tỏ ra xem thường "gã người Đức viết các luận đề khi say rượu, khi tỉnh ra anh ta sẽ đổi ý",[37] Giáo hoàng Leo X vào năm 1518 chỉ thị Silvester Mazzolini, giáo sư thần học dòng Dominican, xem xét vấn đề này. Nhận thấy Luther là một mối nguy hiểm tiềm tàng, Mazzolini công bố Martin Luther là kẻ dị giáo và viết một bài phản bác các luận đề nhằm khẳng định thẩm quyền của Giáo hoàng trên giáo hội Công giáo và khuyến cáo bất cứ sự chệch hướng nào cũng bị coi là dị giáo.

Khi đang tham dự một hội nghị của Dòng Augustine tại Heidelberg, Martin Luther nhận được lệnh triệu tập đến La Mã. Trong khi vẫn tỏ ý trung thành với giáo hội, ông bắt đầu bác bỏ quyền lực tuyệt đối của Giáo hoàng.

Vì muốn giữ sự hoà hảo với Vương hầu Frederick, người có khả năng được bầu chọn làm hoàng đế cho Đế quốc La Mã Thần thánh và đang tỏ ra muốn bảo vệ Martin Luther, Giáo hoàng chọn giải pháp ôn hoà nhằm thuyết phục Martin Luther ngưng đả kích giáo hội rồi viết thư tỏ ý thuận phục Giáo hoàng và soạn một luận văn nhằm tôn vinh giáo hội La Mã. Bức thư được viết nhưng không được gởi đi vì Martin Luther vẫn giữ nguyên chính kiến, sau này ông cũng viết một luận văn nhưng nhằm mục đích bác bỏ mọi linh nghiệm của phép giải tội dù ông vẫn thừa nhận ngục luyện tội, phép giải tội và sự cầu thay của các thánh.

Cùng với một người bạn, Carlstadt, Martin Luther tham dự cuộc tranh luận với John Eck tại Leipzig từ 27 tháng 6 – đến 18 tháng 7 năm 1519. Tại đây ông đã bác bỏ quyền lực tối thượng của ngai Giáo hoàng, cho rằng "quyền cầm giữ chìa khoá nước Trời" là được ban cho toàn thể Hội thánh (nghĩa là cho tất cả tín hữu), ông cũng khẳng định rằng giáo hội La Mã không giữ vai trò ưu việt nào trong sự cứu rỗi.